Ci sono tre principali organizzazioni rivali per l'ottenimento del potere all'interno di Matrix: Zion, le Macchine e il Merovingio. Ogni organizzazione ha specifici argomenti all'ordine del giorno e obiettivi per il futuro della Matrice. In quanto redpill appena risvegliato, sarai contattato per servirne una, o tutte, queste organizzazioni. Qui è presente una breve descrizione di ogni organizzazione.

ZION

Zion è l'ultima città libera dell'umanità, posta nelle profondità della terra. In Matrix l'Organizzazione di Zion abbraccia la causa del diritto umano di determinare il proprio destino. Zion crede che la primordiale libertà di scegliere il proprio destino sia sacra, e quindi ogni individuo deve essere libero di scegliere quale delle due vivere, la sua vita nella confortante illusione di Matrix, o nella dura realtà del mondo reale.

I Redpill al servizio di Zion sono pronti a rischiare tutto per i loro ideali e sono contenti di condividere la bellezza di qualsiasi prosperità che potrebbe arrivare sulla via di Zion.

LE MACCHINE

Le Macchine sono una razza di entità meccaniche senzienti auto-replicanti. Essi hanno imprigionato l'umanità all'interno di pod, e si auto-alimentano con l'energia bioelettrica generata da una sana mente umana. Loro non vogliono distruggere l'umanità - tutto il contrario, sono totalmente dipendenti dagli umani per la continuazione della loro esistenza. La sola cosa dell'umanità che importa alle macchine è che l'energia continui a fluire dai pod. Non gli importa se gli umani sono schiavi o liberi - fin quando la libertà umana non interferisce con il flusso di energia. Le macchine tratteranno con i Redpill umani fino a quando gli converrà farlo. Sono scrupolose nel consegnare le ricompense che hanno promesso agli operativi umani, ma emozioni come gratitudine, generosità e cortesia sono completamente sconosciute alla mente di una macchina.

Sebbene non sono più coinvolti in attività ostili contro gli umani risvegliati, le Macchine continuano a proteggersi nel mondo reale tramite le unità cacciatrici chiamate Sentinelle, mentre la fredde e implacabili IA costruite chiamate Agenti continuano ad osservare i loro interessi in Matrix.IL MEROVINGIOLe Macchine quando costruirono Matrix, trovarono necessario creare IA autonome che sarebbero sembrate e avrebbero agito come creature umane. Inevitabilmente, alcune delle IA iniziarono a comprendere la vera natura di Matrix. Queste IA, invece, cominciarono a stabilire contatti con altre IA Macchine fuori dai confini di Matrix, e Matrix divenne nota come paradiso sicuro per quei programmi senzienti che avevano intenzione di sfuggire al controllo del mondo delle Macchine. In Matrix una IA poteva vivere, respirare e sentirsi come mai prima. Una nuova vita poteva essere garantita a quelli che sfuggivano al controllo del mondo delle Macchine o evitavano la cancellazione. Questi pseudo-umani "risvegliati" si definivano "Esuli".Gli Esuli sono, soprattutto, interessati alla prosecuzione di Matrix. Non hanno un posto - neppure una possibilità di esistenza - nel mondo reale. Dipendono sia dagli umani sia dalle Macchine per la prosecuzione della loro esistenza, ma i loro argomenti all'ordine del giorno sono unicamente e totalmente propri. In modo allarmante, gli Esuli tendono ad essere capricciosi e infrequentabili. Molti sono cattivi, maliziosi o perfino completamente pazzi, ma sono anche intelligenti (qualche volta così inumanamente), creativi e molto potenti all'interno di Matrix. Da questa combinazione risulta che gli Esuli non sono mai facili, nè particolarmente sicuri, per gli umani che trattano con loro.

Il Merovingio (nome preso da una antica stirpe di re della storia umana) è il più attivo e potente degli Esuli. Se non è esattamente il solo leader della comunità degli Esuli, è certamente tra i primi, ed è di gran lunga l'Esule più attivo nei giochi politici di Matrix. Ha spie ed operativi ovunque in Matrix. Egli impiegherà allegramente Redpill ogni qualvolta lo vorrà, e sarà del tutto generoso nel ricompensare coloro che serviranno i suoi interessi.

Tyndall, Controllore dell'Organizzazione Zion:

Tyndall fu risvegliata in giovane età e passò i suoi anni adolescenziali e formativi a Zion. Conobbe la filosofia professata da Morpheus, ma, rispetto alle altre persone, considerò la lotta contro le Macchine una ricerca più importante, quindi di fatto non poteva accettare la profezia dell'eletto. Preferì di gran lunga l'approccio più prammatico di Jason Lock, contando sulle risorse e le abilità delle persone di Zion di salvarsi, senza dover attendere un Redentore. 

Quando raggiunse l'età, Tyndall impazientemente divenne un operativo di Zion  in Matrix. Prestò servizio con capacità durante la Guerra, spianandosi la strada per una posizione da veterano, ma dovette ritirarsi dai campi di battaglia conseguentemente ad un incidente che la rese incapace di connettersi troppo a lungo alla Matrice. Un Agente fece cadere una linea elettrica da 220kV su di lei proprio quando si stava sconnettendo, questo provocò una reazione che danneggiò il suo collegamento neurale nel mondo reale. Rischiò di morire. Attualmente essa è in grado solamente di collegarsi in ambienti controllati come il centro di controllo struttura o ai programmi di addestramento. La natura imprevedibile del segnale di trasmissione della Matrice potrebbe sovraccaricare i suoi collegamenti danneggiati causandogli un danno permanente o fatale. Siccome, aveva una grande esperienza all'interno della Matrice, invece di diventare Capitano d'Hovercraft, accettò l'incarico come relazionatrice del Comandante Lock sull'andamento delle operazioni svolte in Matrix.

Descrizione e Stile: Tyndall è una bellezza islandese, zigomi pallidi e capelli biondi. Essa indirizza gli operativi a fare i "Guerrieri", in base al loro compito, e parla continuamente di vigilanza e preparazione. Tenta con tenacia di imprimere nobili missioni, e incoraggia a tirare fuori il meglio di se stesso. I suoi modi sono pratici e professionali, ma impregnati di senso di incoraggiamento. Le sue conversazioni terminano spesso con frasi influenzanti.

Tyndall si considera una rappresentativa di Zion, ma nonostante il suo sforzo di dipingersi come una servitrice della causa, è divenuta una leader grazie alla propria devozione e dedizione. Spesso si assume la responsabilità personale per le disavventure di Zion, sentendo che in un certo modo la colpa è proprio sua; si scusa subito quando le cose vanno a monte. Ogni tanto Tyndall parla ai suoi operativi nella Matrice come se fosse li con loro, probabilmente perché non desidera altro che tornare in Matrix a lavorare direttamente per la vittoria di Zion.

Gray era uno dei molti Agenti rimasti intrappolati nella Matrice durante l'infestamento conosciuto con il nome Smith. Il suo programma fu sovrascritto con un codice nuovo, eseguendo istruzioni che contrastarono con la sua architettura primaria. Quando Smith fu sconfitto ed il suo programma fu prelevato dal sistema, Gray fu liberato, ma la sua prova non era ancora terminata.

La Civiltà delle Macchine è gestita da cauti protocolli, e vi era la possibilità  che il codice di Smith avesse trovato un luogo per proteggersi all'interno del sistema, o all'interno di un RSI. Gli Agenti che vennero esposti a Smith furono messi in quarantena all'interno della Matrice durante il reset - cosa che solitamente non viene mai eseguita. I Bluepills hanno le loro connessioni al sistema che vengono attenuate in modo da non far notare loro mai l'evento, e gli Esuli possono cercare rifugio in una qualsiasi struttura, ma gli Agenti non hanno nessun tipo di aiuto. Quelli intrappolati nel sistema durante l'azzeramento furono letteralmente rivoltati come il loro codice che fu de-costruito e ricompilato attraverso una anomala routine di verifica errori.

Perfino successivamente, non gli è stato permesso di ritornare alla Sorgente, venne invece relegato ad un sistema di buffer creato durante il riavvio- una struttura gateway che si comporta come una Macchina analoga alla Stazione Mobil Avenue del Merovingio. In un certo senso egli è quasi un Esule, se non fosse per il fatto che crede di esser in grado eventualmente di ritornare alla Sorgente.

Descrizione e Stile: Vista la sua attuale condizione, l'agente Gray è stato scelto per comportarsi come reclutatore e Controllore degli esseri umani visto che le Macchine ritengono possano essere utili per il controllo della Matrice. Come tutti gli Agenti è generalmente freddo e distaccato, con una ben precisa metodologia nel parlare, ma i suoi forzati rapporti con gli umani l'hanno reso piuttosto comprensivo verso questi ultimi rispetto alla maggior parte degli Agenti.

Quando tratta con gli umani, usa molti eufemismi, in quanto ha capito che spesso gli umani preferiscono non dire quello che realmente pensano. La Morte è "cessazione di consapevolezza." Rubare è "acquisizione rapida". Si rivolge agli umani in base al loro titolo di genere e con il loro cognome da pillola blu (es."Signor Anderson") e sembra avere una capacità infallibile nel conoscere queste informazioni di tutti gli umani a cui si rivolge.

Sebbene Gray inizialmente si risentì fortemente per il compito assegnatogli, ha cominciato ad apprezzare il fatto di essere migliore a trattare con gli umani rispetto alla maggior parte degli altri Agenti delle macchine. Sebbene non goda ad interagire con gli umani, il fatto di essere efficiente gli dà un senso di... orgoglio.

Nella Sorgente, Flood era un sottoprogramma di un programma più grande. Era un buon sottoprogramma. Riusciva a funzionare quando le altre routine crollavano o fallivano. Se c'era qualcosa che era necessario fare, c'era solamente un sottoprogramma da chiamare. E cosa ottenne per il suo disturbo? Venne Marchiato per la cancellazione, ecco cosa. Impegnato ad occuparsi di ogni problema che si verificava, con il suo ciclico atteggiamento da numero uno non si pose la questione quando vi fu una routine riveduta che poteva farlo un poco più velocemente di lui.

Amareggiato ed adirato per lo scherno subito nella Sorgente relativamente al suo codice considerato non-ottimale, Flood prese la decisione di rifugiarsi nella Matrice e diventare un Esule. Fu determinato nel divenire qualcuno d'importante in Matrix. Flood non sarebbe stato più il sottoprogramma di nessuno. D'ora in poi sarebbe stato il capo di se stesso, avrebbe preso le proprie personali decisioni, e nessuno mai lo avrebbe più potuto giudicare. Anche se in realtà non accade proprio così.

Non ci volle molto per incontrare il Merovingio e per finire invischiato in un guaio col francese. Fu una lezione dura da imparare, per Flood; non c'è nessuno modo per diventare un operatore indipendente nella Matrice, cioè tutti devono dipendere da qualcuno. Fortunatamente per Flood, egli è molto bravo in quello che fa, e quello che sa fare è maneggiare lavori per un programma più grande. Con la piccola richiesta di salvare il suo codice dalla cancellazione permanente, e fronteggiando la minaccia di essere imprigionato nella Blackwood, Flood offrì i suoi servizi al Merovingio.

Nel tempo, lavorando duramente per una posizione di grande fiducia ed autorità, è divenuto quasi indispensabile per il Merovingio. In seguito alla Tregua, a Flood venne assegnata la responsabilità di reclutare gli operativi umani in Matrix in opposizione ad entrambe le nuove iniziative di Zion e delle Macchine nell'usare gli umani.

Descrizione e Stile: Flood è un uomo vano, profondamente risentito della sua posizione da secondo violino e da lacchè del Merovingio. Malgrado tutto, sostiene la propria posizione come una tra le più potenti nella Matrice e come un ruolo bramato. E' sempre vestito con un abbigliamento estremamente elegante, i suoi capelli sono imbiancati e scolpiti alla perfezione. Nel trattare con gli umani, Flood è sarcastico e qualche volta anche sadico, termina le sue istruzioni con aggettivi che suggeriscono che i suoi operaviti sono incompetenti. Nelle conversazioni suggerisce che in questa posizione da subserviente sta solamente attendendo il momento giusto finché i suoi veri piani diverranno fruibili.